Algemeen Opvolging van biocontrole schimmels in substraten
Er is steeds meer nood aan alternatieven voor de klassieke maar niet langer toegelaten gewasbeschermingsmiddelen (o.a. fungiciden). Eén van die alternatieve methodes is het inmengen van biocontrole organismen in het substraat om de wortelschimmels of wortelinsecten te beheersen. Bij het testen van die biocontrole producten, zoals bijvoorbeeld Trichoderma, wil de producent nagaan of het door hen toegevoegde organisme voldoende actief blijft in specifieke teelten. Daarom is er nood aan technieken om die biocontrole schimmels op te volgen in de tijd, en dit soms tot op het niveau van de specifieke stam die werd gebruikt. Deze schimmels monitoren in een complexe omgeving zoals in een potgrondsubstraat of op de wortels, vraagt om stamspecifieke detectietechnieken.
Bij ILVO is er ervaring met het opvolgen van Trichoderma biocontrole schimmels in substraten via klassieke uitplating op semi-selectieve voedingsbodems, een dienst die via het Diagnosecentrum voor Planten wordt aangeboden.
Dit volstaat in veel gevallen, maar de specificiteit is beperkt tot op het niveau van het geslacht van het organisme, Trichoderma bijvoorbeeld. Indien men ook de specifieke stam wil opvolgen, kan hiervoor een moleculaire detectietoets ontwikkeld worden.
Hiervoor wordt eerst een genetische studie uitgevoerd, waarbij via high-throughput sequencing (GBS) stamspecifieke stukjes in het DNA van het doelorganisme opgespoord worden. Vervolgens wordt er een specifiek qPCR assay ontwikkeld om de hoeveelheid van deze stukjes in het staal te bepalen. Op basis van deze hoeveelheid kan tot slot het aantal sporenequivalenten van het doelorganisme berekend worden. Deze strategie werd in samenwerking met Biobest succesvol uitgevoerd voor een specifieke Trichoderma stam. Deze stam kan nu in diverse teelten beter opgevolgd worden. De wetenschappelijke resultaten werden recent gepubliceerd.
Biobest is trots om in samenwerking met ILVO Living Lab Plant & Bodem een moleculaire detectietool te hebben ontwikkeld waarmee we de biocontrole stam Trichoderma asperellum T34 kunnen monitoren in substraat, grond en planten.
Het is de eerste keer dat de GBS-gebaseerde strategie om DNA merkers te identificeren werd toegepast voor de ontwikkeling van een stamspecifiek qPCR assay voor een biocontrole organisme.
ILVO combineert zijn kennis en ervaring rond zowel klassieke als moleculaire detectietechnologie om specifieke oplossingen te helpen vinden voor producenten van biocontrole organismen.
Wenst u ook samen te werken met het Living Lab Plant en Bodem?
Aarzel dan niet om contact met ons op te nemen. Wij garanderen dat al uw vragen confidentieel zullen behandeld worden.